Program Pascasarjana IAIQI dipimpin oleh Dr. H. Firdaus Basuni, M.Pd. selaku Direktur, didukung oleh Dr. Dwi Noviani, M.Pd.I sebagai Ketua Program Studi Magister Pendidikan Agama Islam (MPAI), Dr. Imam Nasruddin, M.Pd.I. sebagai Sekretaris, Mustafiyanti, M.Pd.I sebagai Kepala Bagian Tata Usaha, dan Awaludin, S.Pd sebagai staff Tata Usaha.
Program Magister Pendidikan Agama Islam memiliki visi untuk menjadi pascasarjana yang unggul di bidang kajian keislaman berwawasan Al-Qur’an berlandaskan Ahlus Sunnah wal Jama’ah dengan daya saing internasional pada tahun 2045. Dalam mencapai visinya, program studi ini didukung oleh 8 dosen bergelar Doktor dalam bidang keilmuan MPAI, dengan kualifikasi 6 orang Lektor dan 2 orang Lektor Kepala.
Saat ini tahun ajaran 2024-2025, Program Magister PAI membina 143 mahasiswa aktif. Program studi ini berfokus pada penyelenggaraan pendidikan dan pembelajaran berbasis teori dan praktik dalam bidang kajian keislaman, penelitian berorientasi renstra, pengabdian kepada masyarakat sesuai roadmap, serta menjalin kerjasama dengan berbagai lembaga baik dalam maupun luar negeri. Seluruh kegiatan akademik dilaksanakan dengan berlandaskan Al-Qur’an dan berwawasan Ahlus Sunnah wal Jama’ah.
