Institut Agama Islam Al-Qur’an Al-Ittifaqiah (IAIQI) Indralaya berdiri pada tanggal 26 Juni 2000 di Jl. Lintas Timur KM. 36, Indralaya, Ogan Ilir, Sumatera Selatan. Berada di lingkungan Pondok Pesantren Al-Ittifaqiah (PPI) Indralaya di bawah naungan Yayasan Islam Al-Ittifaqiah, IAIQI mengusung ciri khas pendidikan berwawasan Al-Qur’an dan berlandaskan Ahlu Sunnah Wal Jama’ah (Aswaja). Sebagai bagian dari lembaga yang berfokus pada pendidikan berwawasan Al-Qur’an, IAIQI menetapkan visi besar untuk menjadi perguruan tinggi yang unggul dalam kajian keislaman dan berdaya saing internasional pada tahun 2045.
Sejarah IAIQI bermula di bawah kepemimpinan Dr. K.H. M. Anwar Ibrahim, yang merintis pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Al-Qur`an Al-Ittifaqiah (STIQI). Pada tanggal 26 Juni 2000, Menteri Agama Republik Indonesia, Drs. H. Tolhah Hasan, meresmikan STIQI di tengah perayaan Haflah Akhir Sanah Pondok Pesantren Al-Ittifaqiah. Saat itu, STIQI membuka dua program studi: Pendidikan Agama Islam (PAI) dan Pendidikan Bahasa Arab (PBA). Kehadiran perguruan tinggi ini menjadi tonggak awal pengembangan pendidikan tinggi bercirikan Al-Qur’an di Sumatera Selatan.
Pada periode selanjutnya, di bawah kepemimpinan Drs. H. Duany Saari, M.A., STIQI mengalami perubahan nama menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Al-Qur`an Al-Ittifaqiah (STITQI). Nama ini mencerminkan fokus pada pendidikan dan pembinaan ilmu tarbiyah. Pengakuan formal dari Kopertais Wilayah VII Sumatera Bagian Selatan menandai era baru bagi STITQI dengan dikeluarkannya izin operasional untuk program studi PAI dan PBA. Di bawah bimbingan Drs. H. Duany Saari, STITQI melaksanakan wisuda perdana pada tahun 2006 dengan 14 lulusan, sekaligus memperkuat perannya sebagai lembaga pendidikan tinggi.
Kepemimpinan Dr. H. Pathur Rahman, M.Ag., memperkuat administrasi dan kelembagaan STITQI dengan upaya akreditasi program studi dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Periode ini juga diwarnai dengan pengembangan kerjasama institusional, termasuk dengan Kementerian Agama, yang memberikan bantuan pembangunan gedung. Selain itu, pengembangan sumber daya manusia terus dilakukan dengan mendorong para dosen untuk mengikuti studi lanjut, workshop, dan pelatihan guna peningkatan kompetensi.
Era kepemimpinan H. Mukhyidin, M.A., berfokus pada peningkatan kualitas akademik dan penguatan sumber daya manusia. Semua dosen diberi kesempatan untuk melanjutkan studi hingga jenjang Magister dan Doktor, sehingga jumlah dosen berkualifikasi doktoral meningkat secara signifikan. Pada masa ini, fasilitas pendukung seperti perpustakaan dan sarana pendidikan juga mengalami perkembangan pesat. Periode ini dikenal sebagai “Periode Transformasi,” karena pada tahun 2021, STITQI secara resmi berubah menjadi Institut Agama Islam Al-Qur`an Al-Ittifaqiah (IAIQI) berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 327 Tahun 2021, menandai awal baru sebagai sebuah institut.
Pada tahun 2021, Dr. Hj. Muyasaroh, M.Pd.I., yang merupakan alumni pertama IAIQI dan hafizhah 30 juz Al-Qur’an, dilantik sebagai rektor wanita pertama IAIQI. Beliau membawa visi untuk menjadikan IAIQI sebagai pusat pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi berwawasan Al-Qur’an dengan daya saing internasional. Dalam periode kepemimpinannya, Dr. Muyasaroh berkomitmen untuk memperkuat IAIQI melalui inovasi, peningkatan mutu, dan perluasan kerjasama, baik di dalam maupun luar negeri.
Saat ini, IAIQI mengampu tiga fakultas, enam program studi, dan satu program pascasarjana, dengan lebih dari 1.200 sivitas akademika. Sejak wisuda perdana, IAIQI telah meluluskan lebih dari 1.820 alumni yang tersebar di berbagai bidang seperti pendidikan, dakwah, politik, dan ekonomi. Alumni IAIQI berperan aktif dalam masyarakat, baik sebagai guru agama, politisi, ekonom, maupun tokoh masyarakat.
Untuk mencapai visinya pada tahun 2045, IAIQI menetapkan lima arah pengembangan utama, yaitu: Pembinaan Kapasitas Moral-Spiritual, Pembinaan Kapasitas Intelektual dan Akademik, Pembinaan Kapasitas Institusional, Pembinaan Kapasitas Sosial dan Budaya, serta Pembinaan Kapasitas Kewirausahaan dan Manajerial. Dengan arah pengembangan ini, IAIQI berkomitmen untuk terus tumbuh dan memperluas peran sebagai rahmatan lil’alamin, serta mengembangkan diri menjadi universitas yang unggul dan bertaraf Internasional pada tahun 2045.